Diagnostische Sequenzierungen für das Influenza A-Virus
Für die Typisierung diagnostisch relevanter Erreger steht neben der PCR auch die Sequenzierung zur Verfügung.
Diese ist besonders dann interessant, wenn es neben einer „Grobeinteilung“ in unterschiedliche Geno- bzw. Serotypen auf die Abgrenzung von Gensequenzvarianten ankommt, die eine Unterscheidung verschiedener Lebendimpfstoffe von Wildtypvarianten oder Wildtypen untereinander ermöglicht.
Dies ist bei PRRSV der Fall, wenn beispielsweise der Erfolg eines Impfregimes überprüft bzw. die Viruseintragsquelle ermittelt werden soll.
Dasselbe ist häufig auch der Hintergrund einer Differenzierung von PCV2 bei positiven PCR- Befunden, um solche Typen zu erkennen, die sich im Bestand trotz Immunisierung ausbreiten können (in Deutschland vor allem PCV2d).
Neben dieser gut etablierten Diagnostik bietet die IVD GmbH nun auch die Sanger-Sequenzierung des Hämagglutiningens (HA-Gen) des Influenza A-Virus als Ergänzung unserer Typisierungs-PCR für Proben vom Schwein an.
Aufgrund hoher Sequenzvariabilität des Influenzavirus ist eine sichere Zuordnung insbesondere des HA-Gens zu den jeweiligen Varianten aviären, humanen oder pandemischen Ursprungs in der PCR nicht immer möglich. Die Sequenzierung füllt diese Lücke und erlaubt so eine zielgenauere Anpassung der Impfung.
Voraussetzung einer erfolgreichen Sequenzierung sind eine ausreichend hohe Erregerlast in der Probe (i.d.R. ct-Werte <30 in der PCR) sowie eine gute Probenqualität. Insbesondere Speichelproben sind weniger gut geeignet, da sie oftmals eine Mischung unterschiedlicher Erregertypen enthalten und die Nukleinsäure schneller degradiert wird als in anderem Probenmaterial.
Natürlich können wir bei Bedarf nach vorheriger Absprache auch Sequenzierungen für weitere Erreger durchführen. Bitte sprechen Sie uns hierzu gerne an!